20×15サイズの問題がメガピクロスで遊べるようになり、ピクロスモードの150問全ての問題がメガピクロスで遊べるようになりました。
今回も実質300問以上の問題を楽しめます。
本作も『ピクロスe』『ピクロスe2』『ピクロスe3』のセーブデータがあれば、追加のスペシャル問題が追加されます。

マーク入力機能が追加され、未確定の盤面に目印をつけられるようになりました。
マークをつけてもペナルティにはならないので、複雑な局面で仮塗として利用するなど、使い方は自由です。

※仮定法（背理法）を必要とする問題が搭載されたわけではありません。ピクロスeシリーズは全て論理的に解ける問題だけで構成しています。

従来の“スライドパッドや十字ボタンを押している間だけ入力モードが切り替わる操作（ホールド）”に加え、新たに“スライドパッドや十字ボタンを一度押すだけで入力モードが切り替わる操作（スイッチ）”を搭載しました。